Para sincronizar carpetas entre ext4 y ntfs o fat, tenemos el problema de que en linux tiene permisos , que ntfs o fat no los tiene por lo tanto en nuertro directorio de usuario:
/home/"tu-usurario" abrir la carpeta:
.unison
abrir el archivo de perfil que has creado
"tu-perfil".prf
Añadir la siguiente línea:
perms = 0
Reescanear las carpetas a sincronizar, y al darle a GO. Ya no habrá problemas.
Nota: Realizado para la versión de Unison 2.40.102